กระบวนการทางชีวสารสนเทศเพื่อช่วยในการศึกษากลไกการยับยั้งการอักเสบของสารออกฤทธิ์จากธรรมชาติที่ได้จากพืชสมุนไพรในภาคตะวันออก

Abstract

จากการนำข้อมูลสารออกฤทธิ์ของพืชสมุนไพร ขลู่ (Pluchea indica (L.) Less) และพืชสมุนไพรชนิด อื่น ซึ่งเป็นพืชสมุนไพรในภาคตะวันออก มาใช้เป็นแหล่งอ้างอิงเพื่อนำมาใช้ในการค้นหาโปรตีนเป้าหมายและกลุ่มโปรตีนที่มีปฏิสัมพันธ์ร่วม โดยการใช้ฐานข้อมูลสาธารณะและเครื่องมือทางชีวสารสนเทศที่ประกอบไป ด้วย (1) การค้นหาโปรตีนเป้าหมายของสารออกฤทธิ์ (2) การสืบค้นข้อมูลปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีน (3) การค้นหาข้อมูลยีนที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบ (4) การวิเคราะห์เครือข่ายและการค้นหาโมดูลร่วมกับการใช้ ข้อมูลของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบ และ (5) การแปลผลทางชีวภาพ ภายหลังการตรวจสอบเครือข่ายทางชีวภาพของสารออกฤทธิ์ทั้ง 10 ชนิด ได้แก่ Apigenin, Fisetin, Kaempferol, Quercetin, Myricetin, Isorhamnetin, Catechin, Epigallocatechin gallate, Epicatechin และ Theaflavin แล้ว พบโมดูลการ อักเสบที่เป็นโปรตีนเป้าหมาย จำนวนตั้งแต่ 1 ถึง 12 โมดูล และเมื่อนำผลของสารออกฤทธิ์ที่เป็นองค์ประกอบ ของใบขลู่และพืชกลุ่มชามาพิจารณา ก็จะพบโปรตีนเป้าหมายจำนวน 25 โปรตีน ที่มีบทบาทสำคัญต่อการยับยั้งการตอบสนองการอักเสบของสารออกฤทธิ์ 8 ชนิด และที่เกี่ยวข้องกับวิถีพาธเวย์หลักที่นิยมศึกษาใน ห้องปฏิบัติการได้แก่ วิถีการส่งสัญญาณ MAPK, NF-𝜅B และ JAK-STAT ก็จะพบโปรตีนเป้าหมายจำนวน 6 โปรตีน ได้แก่ PTGS2, NFKB1, MAPK14, NOS2, RELA และ IL6 ที่สามารถนำมาใช้พิจารณาเพื่อการศึกษา กลไกการออกฤทธิ์ยับยั้งการตอบสนองการอักเสบในระดับห้องปฏิบัติการของพืชสมุนไพรขลู่ เช่นเดียวกันกับ ตัวอย่างการประยุกต์กับหัวหอม ที่สามารถนำกระบวนการทางชีวสารสนเทศนี้มาประยุกต์กับพืชสมุนไพรชนิด อื่นเพื่อช่วยลดต้นทุนและเวลาที่ใช้ในการทำวิจัยเพื่อการตัดสินใจในระดับห้องปฏิบัติการต่อไป