ชีววิทยาเชิงระบบสำหรับสืบค้นกลไกการตอบสนองต่อการอักเสบในเซลล์แมคโครฟาจของหนู

พิทักษ์ สูตรอนันต์; กล่าวขวัญ ศรีสุข

dc.contributor.author	พิทักษ์ สูตรอนันต์
dc.contributor.author	กล่าวขวัญ ศรีสุข
dc.contributor.other	มหาวิทยาลัยบูรพา. คณะวิทยาศาสตร์
dc.date.accessioned	2019-03-25T09:09:54Z
dc.date.available	2019-03-25T09:09:54Z
dc.date.issued	2559
dc.identifier.uri	http://dspace.lib.buu.ac.th/xmlui/handle/1234567890/1876
dc.description.abstract	เซลล์แมคโครฟาจ RAW264.7 ที่ถูกกระตุ้นด้วย LPS เป็นโมเดลที่ถูกใช้ในการศึกษากลไกการอักเสบ ซึ่งมีหลายกลุ่มวิจัยได้นำมาใช้เป็นโมเดลในการศึกษาสารออกฤทธิ์ต้านการอักเสบ โดยอาศัยเทคโนโลยีไมโครอาร์เรย์ที่สามารถนำมาใช้ในการตรวจวัดการตอบสนองของยีนทั้งหมดภายในเซลล์ในช่วงเวลาเดียวกัน ซึ่งข้อมูลที่ได้จากการตรวจวัดระดับของ mRNA ภายในข้อมูลไมโครอาร์เรย์ที่มีการศึกษากันเป็นจำนวนมากนั้นถูกรวบรวมไว้ในฐานข้อมูลสาธารณะ ข้อมูลไมโครอาร์เรย์เหล่านี้สามารถนำมาใช้ในการศึกษาด้วยเครื่องมือทางชีวสารสนเทศหรือการศึกษาทางด้านชีววิทยาเชิงระบบ เพื่อค้นหากลไกการตอบสนองการอักเสบของเซลล์แมคโครฟาจอย่างเป็นระบบได้ เครื่องมือที่สำคัญที่นำมาใช้ในการวิจัยครั้งนี้ได้แก่ เครื่องมือทางชีวสารสนเทศที่เกี่ยวข้องกับการคัดเลือกยีน การสร้างเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ของการแสดงออกร่วม การสร้างเครือข่ายการควบคุมการแสดงออกของยีน การบูรณาการข้อมูลทางชีวภาพ รวมถึงการแปลผลทางชีวภาพ เพื่อทำการค้นหาเครือข่ายย่อยและชุดยีนที่น่าสนใจซึ่งมีการตอบสนองต่อการอักเสบ จากผลการคัดเลือกทำให้ได้ยีน SOCS3 ที่ผ่านยืนยันผลในระดับห้องปฏิบัติการโดยการตรวจวัดระดับการแสดงออกด้วยเทคนิค real-time PCR ซึ่งยีน SOCS3 นี้เป็นยีนที่จะแสดงออกเป็นโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมในเชิงลบของการตอบสนองในระบบภูมิคุ้มกัน กล่าวโดยสรุปนั้นชีววิทยาเชิงระบบสามารถนำมาใช้ในการค้นหาองค์ความรู้ใหม่ภายใต้การวิเคราะห์ข้อมูลขนาดใหญ่ที่ไม่สามารถวิเคราะห์ได้ภายใต้วิธีการพื้นฐานทั่วไป ซึ่งนำไปสู่การค้นพบกลุ่มยีนใหม่จากชุดข้อมูลไมโครอาร์เรย์ที่ทำให้สามารถนำมาสร้างโมเดลเพื่อทำความเข้าใจกลไกในระดับโมเลกุลของการตอบสนองการอักเสบได้	th_TH
dc.description.sponsorship	โครงการวิจัยนี้ได้รับเงินอุดหนุนการวิจัยงบประมาณเงินรายได้ (เงินอุดหนุนจากรัฐบาล) ประจำปีงบประมาณ 2557	en
dc.language.iso	th	th_TH
dc.publisher	คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา	th_TH
dc.subject	ชีววิทยาเชิงระบบ	th_TH
dc.subject	สาขาวิทยาศาสตร์เคมีและเภสัช	th_TH
dc.title	ชีววิทยาเชิงระบบสำหรับสืบค้นกลไกการตอบสนองต่อการอักเสบในเซลล์แมคโครฟาจของหนู	th_TH
dc.title.alternative	Systems biology for inveatigating the mechanism of inflammatory response in murine macrophage	en
dc.type	Research
dc.author.email	pitak@buu.ac.th
dc.author.email	klaokwan@buu.ac.th
dc.year	2559
dc.description.abstractalternative	Macrophage RAW264.7 stimulated with LPS is a model to learn about the mechanism of inflammation. It was used by several research groups for testing anti-inflammatory compounds by using microarray technology. This technique can simultaneously detect the response on whole cell in interesting condition by measurement of mRNA levels. There was a huge of submitted microarray datasets of LPS-stimulated macrophage in public database. These data can be used for analysis with several bioinformatics tools or system biology approach to investigate the mechanism of inflammatory response in murine macrophage. Gene selection, co-expression network, gene regulatory network, biological data integration, and biological interpretation techniques were used in this study for finding some interested modules and their responsive genes. One selected inflammatory responsive gene, SOCS3, has already validated with real-time PCR to measure its expression level on time-series. SOCS3 is gene that encoded for suppressor of cytokine signaling protein which is negative regulator of immune responses. In conclusion, system biology can be used to discovered more knowledge which are concealed under a huge of data that cannot be found by conventional methods. This leads to find a novel responsive gene from the traditional public microarray data that make a new model for understanding the mechanism of inflammatory response	en