ขั้นตอนทางชีวสารสนเทศสำหรับการค้นหาเครือข่ายที่ตอบสนองต่อการอักเสบในเซลล์แมคโครฟาจหนู

Abstract

การอักเสบเป็นสิ่งสำคัญในการซ่อมแซมเนื้อเยื่อและเป็นส่วนสำคัญในการกระตุ้นการแสดงออกของยีน การศึกษาข้อมูลการแสดงออกของยีนหลายหมื่นยีนพร้อมกันภายใต้สภาวะที่สนใจโดยใช้เทคโนโลยีไมโครอาร์เรย์ เป็นสิ่งสำคัญสำหรับการทำความเข้าใจกลไกทางชีวเคมีของการอักเสบ ในปัจจุบันฐานข้อมูลและเครื่องมือต่าง ๆ ในด้านชีวสารสนเทศนั้นมีมากมายสำหรับการนำไปใช้เพื่ออธิบายกลไกการตอบสนองต่อการอักเสบ ในงานวิจัยนี้ทำการศึกษาข้อมูลไมโครอาร์เรย์ของการตอบสนองการอักเสบในเซลล์แมโครฟาจ RAW 264.7 ที่ถูกกระตุ้นด้วย LPS โดยอาศัยการวิเคราะห์ด้วยเครือข่ายที่แตกต่างกันสามเครือข่าย ได้แก่ เครือข่ายการควบคุมการแสดงออกของยีน เครือข่ายการแสดงออกร่วมของยีน และเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน โดยทำการตรวจสอบที่ 4 ช่วงระยะเวลาของการตอบสนองการอักเสบซึ่งจะทำการคัดเลือกเครือข่ายย่อยและแปลผลทางชีวภาพ โดยกระบวนการของวิถีพาธเวย์ NF-B มีการแสดงออกในช่วงเวลา 3 และ 6 ชั่วโมง เมื่อเวลา 8 และ 18 ชั่วโมงวิถีการตอบสนองการอักเสบหลากหลายวิถีเกิดขึ้น จากกระบวนการวิเคราะห์เครือข่ายข้างต้น จะทำการคัดเลือกเครือข่ายย่อยเพื่อนามาใช้เป็นต้นแบบเพื่อช่วยในการตัดสินใจและอธิบายกลไกการต้านการอักเสบของสารออกฤทธิ์จากพืชสมุนไพรสำหรับการตรวจสอบผลการตรวจทางห้องปฏิบัติการต่อไป